Si te has encontrado con la necesidad de actualizar las Urls a las que apuntan las alertas de SharePoint bien porque se ha producido un cambio en la Url de las aplicaciones web o bien porque acabas de hacer una actualización de SharePoint 2010 a 2013 y hay problemas con las mismas, entonces te recomiendo que revises este artículo de TechNet sobre el cmdlet de PowerShell Invoke-AlertFixup que permite solucionar este tipo de situaciones.